«Отдел западно-европейской литературы» /1967/ (зав.отделом Ф. Сулейманова) проводит работу по организации и ведению международного книгообмена с крупными библиотеками, различными организациями, университетами, отдельными учеными и специалистами стран Западной Европы; комплектует фонды печатными и электронными научными изданиями на западно-европейских языках по профилю научных исследований НИУ НАНА, проводит их научную каталогизацию (обработку и систематизацию); занимается организацией и ведением алфавитного и систематического каталогов, библиографической картотеки «Азербайджан за рубежом»; осуществляет информационно-библиографическое обслуживание читателей путем подготовки к изданию библиографического указателя «Азербайджан за рубежом», информационных бюллетеней о новых поступлениях литературы (книг и периодических изданий) на западно-европейских языках, печатных каталогов книг по Востоку на западно-европейских языках, поступивших в библиотеки г. Баку за текущий год; ведет научно-исследовательскую работу по изучению эффективности использования читателями системы каталогов и картотек литературы на западно-европейских языках, фондов заподно-европейской литературы, а также библиографических указателей и печатных каталогов, подготавливаемых отделом.

«Отдел восточной литературы» /1971/ (зав.отделом А. Гусейнова) ведет международный книгообмен со странами Востока; комплектует фонд печатными и электронными научными изданиями по профилю научных исследований НИУ НАНА, обеспечивает их сохранность и использование; занимается научной каталогизацией (обработкой и систематизацией) восточной литературы, организацией и ведением алфавитного и систематического каталогов; путем составления и подготовки к изданию библиографического указателя «Азербайджан за рубежом», информационных бюллетеней о новых поступлениях литературы на восточных языках (книг и периодических изданий), печатных каталогов литературы на восточных языках, поступившей в библиотеки г. Баку, осуществляет информационно-библиографическое обслуживание; ведет научно-исследовательскую работу по изучению эффективности использования читателями системы каталогов и картотек литературы на восточных языках, фондов восточной литературы и их соответствию читательским запросам, а также библиографических указателей и печатных каталогов, подготавливаемых отделом и т. д.

«Отдел национальной литературы» /2002/ (зав. отделом Аббасова К.) осуществляет научную каталогизацию /обработку и систематизацию/ литературы на азербайджанском языке; организацию и ведение алфавитного и систематического каталогов; готовит к изданию библиографический указатель периодических и продолжающихся изданий на азербайджанском языке; ведет научно-исследовательскую работу по эффективности использования алфавитного и систематического каталогов литературы на азербайджанском языке и соответствию их читательским запросам.

«Отдел научной каталогизации литературы» /1926/ (зав. отделом Ш. Керимова) осуществляет научную каталогизацию (обработку и систематизацию) литературы на русском языке, занимается организацией и ведением генерального алфавитного и систематического каталогов; путем составления и подготовки к печати библиографического указателя новых поступлений периодических и продолжающихся изданий на русском языке, осуществляет информационно-библиографическое обслуживание; ведет научно-исследовательскую работу по эффективности использования и соответствию запросам читателей системы каталогов библиотеки.

«Отдел обслуживания» /1926/ (зав. отделом С. Мамедова) осуществляет обслуживание читателей, удовлетворяя их запросы на базе научных фондов библиотеки через абонемент, общий читальный зал, зал периодических изданий и межбиблиотечный абонемент (МБА); комплектует подсобные фонды читальных залов соответственно запросам читателей; проводит выставки новых поступлений, тематические и юбилейные (в том числе выездные) выставки; организует и проводит научно-массовые мероприятия (конференции, семинары и т.п.); осуществляет регистрацию читателей в автоматизированном режиме; ведет исследования по изучению состава читателей, соответствию фондов библиотеки запросам читателей, причин отказов читателям и т. п.

«Отдел организации, сохранности и использования фондов» /1925/ (зав. отделом Ф.Дадашева) осуществляет формирование, распределение, сохранность научных фондов библиотеки, удовлетворяющих потребности ученых и специалистов; проводит исследование научных фондов, отбирает редкие и особо ценные издания, обрабатывает их, организует хранение и использование; ведет работу по изъятию из фонда устаревшей по содержанию, ветхой и непрофильной литературы, ведет топографический каталог; изучает эффективность использования фондов и их соответствие запросам читателей; осуществляется проект «Консервация редких изданий», утвержденный «Фондом СОРОСА», улучшаются условия хранения редких изданий, самые ценные из них помещаются в микроклиматические контейнеры, изготовленные из бескислотного картона и хранящиеся в закрытых шкафах.

«Отдел библиографии» /1959/ (зав. отделом Д. Исаева) ведет работу по составлению и подготовке к печати учетно-регистрационных, тематических и из серии «Деятели науки и культуры Азербайджана» библиографических персональных указателей; осуществляет информационно-библиографическое обслуживание ученых и специалистов, государственных учреждений, различных организаций путем подготовки к изданию печатных каталогов, информационных бюллетеней новых поступлений книг, составлением письменных тематических библиографических справок, выдачей устных справок; ведет библиографическую картотеку «Наука и культура в Азербайджане», занимающую важное место в системе справочно-библиографического аппарата библиотеки: осуществляет аналитическую роспись статей более, чем из 150-ти названий газет и журналов; комплектует справочно-библиографический фонд и организует его хранение и использование; изучает эффективность использования библиографической картотеки «Наука и культура в Азербайджане», а также подготавливаемых отделом библиографических указателей, печатных каталогов и т. п.

«Отдел библиотековедения» /1969/ (зав. отделом А. Мамедова) проводит работу по организации и ведению научных исследований по актуальным теоретическим и практическим вопросам в области библиотечного дела, завершающуюся составлением методических и инструктивных документов; изучает инновационные процессы библиотечного дела в крупных библиотеках мира для внедрения в ЦНБ; осуществляет методическое руководство сети библиотек НИУ НАНА; комплектует специализированный фонд литературой по библиотековедению, библиографоведению и информатики, каталогизирует ее и организует использование; ведет тематическую картотеку по вопросам библиотековедения и библиографоведения.

«Отдел автоматизации библиотечных процессов» /2002/ (зав. отделом Дж. Джафаров) внедряет в библиотеке Автоматизированную библиотечно-информационную систему «ИРБИС-64»; обеспечивает автоматизацию библиотечных процессов в отделах ЦНБ; формирует базы данных по актуальным темам, создает электронный каталог и электронную библиотеку; ведет электронное информационное обслуживание читателей с использованием Интернет.

«Отдел консервации, реставрации и ксерокопирования» /2002/ (зав. отделом Б. Елчуев) осуществляют консервацию редких и ценных изданий, хранящихся в научных фондах библиотеки, реставрирует и ксерокопирует документы.

Фонд литературы на русском языке представлен изданиями, начиная с ХVI-ХVШ веков до наших дней произведениями А.С. Пушкина, М.Ю. Лермонтова, Н.А. Некрасова, И.С. Тургенева, М.Е. Салтыкова-Щедрина, А.П. Чехова, Н.В. Гоголя и др., а также дореволюционной периодикой - журналами “Современник”, “Отечественные записки” и т. п. Особую ценность представляют материалы и коллекции по кавказоведению («Акты, собранные Кавказской археологической комиссией», «Сборник материалов для описания местностей и племен Кавказа», «Кавказский сборник», «Известия Кавказского музея»), литература, собранная известным кавказоведом Е.Т. Лопатинским, труды Императорской Академии, различных научных обществ России, Российской Академии наук, АН стран СНГ, крупных научных учреждений и университетов, а также видных ученых, представителей русской и мировой науки. Кроме того, здесь хранятся переданные библиотеке в дар личные книжные коллекции, копии периодических изданий начала ХХ века: «Баку», «Бакинец», «Бакинские губернские ведомости», «Шушинская жизнь» и др., энциклопедии, словари и т.д.

Здесь западноевропейская литература представлена сочинениями античной литературы, Греции, Рима, произведениями Канта, Вольтера, Шекспира, изданиями классиков западно - европейской литературы, ценными изданиями о Востоке, Кавказе, странах Европы, сборниками по искусству, многотомными изданиями репродукций Рафаэля. Здесь хранятся периодические издания АН Франции, начиная с 1854 года до сегодняшнего дня, английское издание журнала “Природа” с 1842 года, книги по естествознанию и технике, а также «Мировая энциклопедия» в 22-х томах, «Семилетняя война в Нагорном Карабахе» (Нью-Йорк, США), У. Нармин и У.С. Невзатын «Деде-Коркуд» (Румыния), Э. Мартин «Путешествие в Азербайджан», 734-х томник «Справочная книга» Л. Гмелина и другие издания.

Большую значимость представляет фонд восточной литературы, который по количеству ценных и редких изданий является одним из самых богатых фондов республики. Здесь собрана литература по древней и новейшей истории Ближнего и Среднего Востока, по источниковедению, языкознанию, искусству, произведения ученых-путешественников, языковые, терминологические словари, справочники, энциклопедии, энциклопедические словари. Здесь собрана литература, полученная из Турции, Ирана, Ирака, Египта, Сирии, Королевства Саудовская Аравия и многих других стран : “Бурхане гате ” Магомеда Гусейна Хатиба Табризи, “Люгятнаме” А. Дейхода, «Диван» Джами, «Рейхана тур адаб» М. Мюдарриса, «Китабу Муджам ал-будан» Я.Хамави, «Tarixül-ayət» Ибн Халдуна, «Osmanlı ensiklopedisi» в 12-ти томах, «İslam ensiklopediyası» в 33-х томах, «Sosial bilimler ensiklopedisi» в 4-х томах и др. В фонде хранятся редкие научные книги, сборники, периодические издания по Востоку, издания азербайджанской литературы древнего и средних веков - “Лейли вя Мяънун” М.Физули, произведения М.П. Вагифа, С.А. Ширвани и др. Основную часть фонда восточной литературы составляют книги, журналы и газеты на арабском, фарсидском, турецком языках, в том числе «Диван» Мехсети Гянджеви (1342), “ Ан-Ниджат” Ибн Сина (1331), произведения Ибн Гаджара, Ибн Халдуна, “Коран” Дж. Насира, а также произведения многих других известных историков, философов, поэтов и писателей Востока. В книжных фондах нашей библиотеки хранятся также личные коллекции известных ученых Азербайджана: историка-нумизмата Е.А. Пахомова, востоковедов Е.Э. Бертельса, Б.Н. Заходера, Е.А. Беляева, А. Юсифа, архитектора М.А. Усейнова, писателя М. Ибрагимова, генетика-селекционера И.Д. Мустафаева, маэстро Ниязи (Таги-заде), общественного и политического деятеля З. Гусейн-заде и других. Библиотека издает печатные каталоги личных коллекций в целях ознакомить читателей с литературой, входящей в эти коллекции.

В фонде редких и ценных изданий собраны самые ценные экземпляры печатных изданий ЦНБ: коллекции изданий XYIII – XIX веков, книги под грифом «секретно», запрещенные в советское время, издания с автографами выдающихся личностей, издания, оставшиеся в единственном экземпляре, книги, характеризующие те или иные исторические этапы переходного периода, издания, реально отражающие общественное развитие, исторически значимые события, а также собрание местных изданий регионального значения, этническая и краеведческая литература, персональные и специальные коллекции. Коллекции фонда богаты источниками, представляющими большой интерес для исследователей по истории и культуре Азербайджана, а также Кавказа и России: «О политическом существовании Карабахского ханства с 1747 по 1805 год» (Шуша, 1901), Абдул-Лятиф Эфенди «История Шекинских ханов» (1926), «Статистическое описание Нахичеванской провинции» (1833), «Материалы для изучения экономического быта государственных крестьян Закавказского края» (Тифлис, 1885), Роллен «Древняя история об египтянах, о карфагенянах, об ассирианах, о вавилонянах, о мидянах, персах, о македонянах и о греках» (1749), Марр Н.Я. « Кавказ и памятники его духовной культуры» (1919), Латышев В.В. «Известия древних писателей о Скифии и Кавказе» (Без вых.дан.), Фитуни А.П. «История народных легенд о кладе Александра Македонского в Ширване» (1927), Рикот «Монархия Турецкая» (1741), «Энциклопедический словарь» Ф.А. Брокгауза и И.А. Ефрона (1890), «Энциклопедический словарь Русского литографического института» братьев Гранат (42 тома), “Derbend-name or the history of Derbend” (1851), Maspero G. “Histoire Ancienne des peupls de L’ orient” (1876). Фонды ЦНБ комплектуются через фирму «ГАСИД», книготорговые и полиграфические предприятия, по подписке, путем получения обязательного экземпляра, а также литературой, полученной по международному книгообмену и в дар.